随着清朝政权的稳固和社会经济的发展、“汉学”的复兴，考据学在学术思想界占据了支配地位。统治者运用“文字狱”、科举考试等手段对思想领域的控制逐步加强，对学术思想的参与也逐渐增多，清代学术进入了一个对既往成果进行全面清理、总结的时代。
最具代表性的就是大型类书和丛书的编纂，其中康熙、雍正年间编纂的类书《古今图书集成》和乾隆时期完成的丛书《四库全书》，集我国古代经、史、子、集之大成，几乎囊括了当时所有的文献典籍。
而经过颜元﹑戴震等人批判的宋明理学，到清中期以后，日益没落。加上，大批耶稣会传教士跟随殖民者的脚步来到中国传教，带来了西方的科技文化，形成了中国历史上第二次中外文化交流的高潮。
中西方文化有相互交融的方面也冲突的方面，为了维护自身统治，清朝统治者实行了闭关锁国的政策，切断中外文化交流的官方渠道，致使当时的中国处于愚昧保守的状态下。
到了清朝中后期，科举考试中八股文对年轻学子的思想禁锢越来越严重，社会矛盾也越来越突出。一批开明的思想家目睹清朝统治急剧衰落，深感社会矛盾深重、危机四伏，终于发出了自己的呐喊—“九州生气恃风雷，万马齐喑究可哀。我劝天公重抖擞，不拘一格降人才。”