上任伊始的阿利耶夫，所面临的是一个政治上和经济上的烂摊子。阿塞拜疆在与亚美尼亚长达6年的战争中被拖得筋疲力尽，人民的生活非常困难。为摆脱困境，阿利耶夫政府要做的两件事是：一是结束旷日持久的阿、亚在纳——卡地区的战争；二是与西方石油集团尽快签署石油出口协议，引进数十亿美元的外资以改善国家的经济状况。一年后，阿利耶夫的威望如日中天，也得到了人民的拥护。可原想当总统的苏拉特·侯赛因诺夫始终不甘心居于阿利耶夫之下，与其矛盾日深。苏拉特·侯赛因诺夫虽然身为总理，常驻巴库，但却一直在占贾培植忠于自己的军事力量。眼看着他所批评的一件件事，最终以阿利耶夫的成功而告结束时，方知自己当总统的希望愈来愈渺茫。苏拉特·侯赛因诺夫决定在合适的时机发动政变。
谋杀与叛乱
1994年9月30日，正当阿塞拜疆总统阿利耶夫在纽约同亚美尼亚总统举行会晤时，阿塞拜疆国民议会副议长，曾与阿利耶夫患难与共的密友贾利洛夫，在国内乘坐汽车时遭到歹徒自动步枪的袭击，中弹身亡。贾利洛夫遇害后2小时，负责国家元首保卫工作的总统办公厅特管局局长拉希莫夫也遭持枪歹徒暗杀身亡。显然，这是针对总统的两起政治谋杀案。